На основании согласования полномочного представителя Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе, приказом заместителя Министра сельского хозяйства − руководителя Федерального агентства по рыболовству Беляев Денис Сергеевич назначен на должность директора ФГБНУ «Государственный научно-исследовательский институт озерного и речного рыбного хозяйства» им. Л.С. Берга («ГосНИОРХ»).
В январе 2018 года Беляев Д.С. вошел в резерв управленческих кадров, находящихся под патронажем Президента Российской Федерации. В настоящее время проходит обучение по федеральной программе подготовки и переподготовки высшего резерва управленческих кадров.
До назначения на должность директора ФГБНУ «ГосНИОРХ» Денис Беляев возглавлял Северо-Западное территориальное управление Федерального агентства по рыболовству, занимал различные должности в аппарате вице-губернатора Санкт-Петербурга, администрации губернатора Санкт-Петербурга и аппарате полномочного представителя Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе.
За высокие результаты работы Денис Беляев не раз удостаивался наград и поощрений: почетная грамота Заместителя Министра сельского хозяйства Российской Федерации-руководителя Федерального агентства по рыболовству И.В. Шестакова от 11 октября 2016 года (Приказ № 482-л); благодарность заместителя Министра сельского хозяйства Российской Федерации-руководителя Федерального агентства по рыболовству И.В. Шестакова от 18 декабря 2017 года (Приказ № 651-л); Благодарность Губернатора Ленинградской области А.Ю. Дрозденко от 20.07.2017 года (Приказ №394); благодарственное письмо Председателя Законодательного Собрания Санкт-Петербурга В.С. Макарова от 24 февраля 2012 года; благодарственное письмо Губернатора Новгородской области С.Г. Митина от 6 августа 2012 года; почетный диплом вице-губернатора Ленинградской области С.В. Яхнюка от 2012 года; благодарственное письмо Губернатора Новгородской области С.Г. Митина от 24 октября 2016 года и многие другие.
Беляев Д.С. неоднократно выступал с докладами на научных конференциях, посвященных совершенствованию рыбохозяйственной отрасли, развитию рыболовства, аквакультуры и обеспечению экологической безопасности. Также в соавторстве с ведущими учеными рыбохозяйственной науки принимал участие в написании многочисленных научных публикаций.